Stefano Molli si laureò in ingegneria civile nel 1882, proseguendo poi gli studi di ornato e figura disegnata presso l'Accademia di Belle Arti. Dal 1883, per 13 anni, lavorò presso lo studio del conte Carlo Ceppi, iniziando subito a seguire anche suoi progetti personali. Nel 1892 realizzò la chiesa di Nostra Signora del Suffragio a Susa e nel 1893 la Palazzina e Tipografia Marietti. L'incarico di direttore dei lavori e di progettista dei principali edifici dell'Esposizione di Arte Sacra e delle Missioni Cattoliche del 1898 gli diede modo di farsi conoscere a Torino. In seguito progettò per le Missioni anche edifici all'estero, tra questi l'orfanotrofio di Tripoli del 1901. L'incontro con Ernesto Schiaparelli, direttore del Museo Egizio, diede vita a una collaborazione che si concretizzò nella realizzazione di edifici per l’ANSMI, l’Associazione Nazionale per Soccorrere i Missionari Italiani in Egitto e in altri paesi dell’Africa settentrionale. Disegnò poi case per gli immigrati in Francia (Grenoble e Galmier) e in Svizzera (Losanna e San Gallo). A Smirne in Turchia nel 1903 progettò le scuole; nel 1904 in Cina l'ospedale a Tchon-ma-tien e la lapide in ricordo dei marinai italiani dispersi a Pechino; nel 1907 l'orfanotrofio a Scutari in Turchia oggi Albania, nel 1909 una scuola a Tiberiade in Israele, nel 1914 l'ospedale a Tientsin in Cina. Intanto in Italia nel 1900 restaurò il castello di Barengo (NO), nel 1903 progettò a Torino in corso Matteotti l'edificio per l'Unione Tipografica Editrice Torinese (UTET) e le abitazioni popolari nel quartiere San Paolo a Torino, studiate per essere ambienti sani, con locali ampi e ben aerati; nel 1906 il camposanto di Borgomanero e l'istituto tecnico commercale Eugenio Bona di Biella. Lo studio era a Torino in Corso San Maurizio 81.
